El grupo de investigación 'Organismos y sistemas (RNM 359) se encarga del estudio de diversos aspectos relacionados con la ecología de organismos terrestres, marinos y dulceacuícolas. Francisco José García García es el responsable del grupo, quien ha desarrollado estudios de anatomía y la taxonomía de invertebrados marinos, principalmente de moluscos (gasterópodos y poliplacóforos), de la península ibérica, Brasil, Panamá y la Antártida. Ha realizado investigaciones sobre la reproducción, desarrollo embrionario y larvario de moluscos gasterópodos y equinodermos y ha participado en el estudio de las comunidades bentónicas de la península antártica y del Mar de Bellinghausen (Antártida), de Panamá y de Brasil. Actualmente trabaja en aspectos relacionados con la ecología de playas, y el efecto que perturbaciones de origen antrópico (turismo, limpieza de playas) ejercen sobre las poblaciones de invertebrados intermareales.

De otro lado, miembros del grupo trabajan en biogeoquímica y cambio global, y en concreto en el efecto que el cambio global antropogénico tiene sobre variables funcionales de los ecosistemas terrestres. Esta línea de investigación se centra principalmente en el efecto que el cambio climático y la deposición atmosférica de N y P tiene sobre las variables físicas, químicas y microbiológicas de los suelos, y cómo la vegetación modula estos efectos.

También, trabajan en biodepuración de aguas continentales: eliminación de nutrientes y compuestos recalcitrantes mediante el uso de sistemas biológicos aerobios/anaerobios (comunidades bacterianas), microalgas y hongos. Esta investigación está centrada en el uso de técnicas de manejo que permitan prevenir el deterioro ecológico y la contaminación de las aguas superficiales, así como la regeneración de los ecosistemas acuáticos.

Asimismo, desde el grupo se investiga en aspectos relacionados con la ecología de aves nativas e invasoras. En colaboración con investigadores de la Estación Biológica de Doñana y el Museo de Ciencias Naturales de Madrid (CSIC), se investigan los factores que inciden en el estatus de conservación de especies amenazadas, tanto en Europa como en los Neotrópicos, así como los que facilitan la adaptación de las aves frente a distintos escenarios de cambio global.

La medida y modelado de flujos turbulentos (CO2 y H2O) a través de el modelado de los procesos ecofisiológicos de la vegetación y fisicos del suelo, usando como técnica de contraste la técnica de "Eddy Covariance", es otra línea de investigación que se aborda desde el equipo de la UPO, así como los impactos ambientales de las actividades humanas en la biodiversidad y conservación de los ecosistemas; en particular, los impactos ecológicos del transporte y las infraestructuras, y en la integración ambiental de éstas con el fin de reducir la mortalidad animal y mitigar la fragmentación ecológica. Paralelamente, los expertos colaboran en investigación sobre los impactos antropogénicos en la fauna de ecosistemas marinos litorales.

Otros investigadores han desarrollado su línea de investigación en el estudio de la reproducción de invertebrados marinos, concretamente de especies de Moluscos y Equinodermos. Entre sus trabajos de investigación se incluyen estudios sobre embriología y desarrollo larvario, nutrición, fisiología y zootecnia. También, han analizado los ciclos reproductivos en poblaciones naturales tanto de Moluscos como de Equinodermos, relacionando matemáticamente en algunas especies de Moluscos Bivalvos la influencia de los parámetros ambientales. En la actualidad esta labor investigadora está relacionada con la ecología de la fauna de sustrato blando, y la influencia de la actividad humana sobre estas comunidades bentónicas.

El acoplamiento de fotocatálisis solar y oxidación biológica para descontaminación de aguas residuales, así como en la desinfección de aguas mediante procesos de oxidación avanzados con intervención de la radiación solar en CIESOL (Centro Mixto Universidad de Almería y Plataforma Solar de Almería-CIEMAT), es otra línea de trabajo. En este sentido, se investiga sobre extracción y modificación de celulosa de algas y plantas marinas.

- Análisis taxonómicos y biológicos de las comunidades marinas y estuarinas.

- Biología reproductora de invertebrados marinos.

- Estudio de impactos ambientales sobre las comunidades marinas y estuarinas.

- Taxonomía y ecología de invertebrados marinos.

- Efecto del cambio climático sobre los ciclos del C, N y P en ecosistemas terrestres.

- Efecto de los gradientes de aridez sobre la disponibilidad de nutrientes para las plantas.

- Capacidad de adaptación de especies de aves frente al cambio global.

- Conservación de especies de aves amenazadas.

- Medida y modelado de flujos turbulentos.

- Eliminación de nutrientes y compuestos orgánicos recalcitrantes en aguas contaminadas.

- Análisis de las comunidades biológicas en ecosistemas dulceacuícolas.

- Evaluación ecológica de las playas arenosas

- Estudios de invertebrados marinos mediante técnicas análisis de imagen no dañinas

- Análisis faunístico, taxonómico y caracterización de las comunidades bentónicas marinas

- Caracterización del biocarbón para determinar su viabilidad como sumidero de carbono y aditivo agrícola

- Determinación de la disponibilidad de nutrientes esenciales en las plantas mediante Root Simulators

- Fabricación de simuladores de raices (Root simulators) para calcular la disponibilidad real de nutrientes en el suelo

- Evaluación del estado trófico: muestreos "in situ" y análisis físicos-químicos y biológicos. Utilización de índices bióticos para determinar la calidad de las masas de agua.

- Estudios de macro y microbiota implicada en la depuración de las aguas.

- Diseño de procesos de eliminación biológica de materia orgánica y de nutrientes.

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