Caracterización del operón PP2810-13 en Pseudomonas putida

Resumen

Motivación: El género Pseudomonas se encuentra en una gran diversidad de nichos ecológicos, debido a su gran versatilidad metabólica, es capaz de degradar contaminantes del tipo  compuestos orgánicos, etc. Su estudio nos puede abrir las puertas hacia el desarrollo de estrategias con aplicación ambiental, industrial, etc. Nosotros nos centraremos en Pseudomonas putida, su genoma está secuenciado, y es inocuo (GRAS). Aproximadamente un 10% de sus genes participan en la transducción de señales y la regulación de la expresión; algunos de éstos pertenecen a sistemas de dos componentes(1) permitiendo  acoplar un estímulo-respuesta haciendo que el organismo pueda responder ante cambios en el ambiente, formando una compleja red de regulación. Uno de los sistemas de dos componentes, exclusivo de Pseudomonas es el sistema CbrAB, donde CbrA es la proteína sensora y CbrB es un regulador transcripcional dependiente de σ54. En estudios anteriores se observó mediante ChIP- Seq(no publicado)  que el gen PP2810 era candidato a estar regulado por este sistema de dos componentes, y su región promotora tiene tres posibles sitios de unión para CbrB.

Métodos: Se analizará la expresión como medida de la actividad β-galactosidasa para fusiones  transcripcionales de la región promotora  del  gen PP2810 a lacZ  tanto silvestre como con modificaciones en los sitios de unión  en dos  fondos: silvestre y mutante carente de cbrB. Además se realizarán ensayos de unión  de la proteína CbrB a la región promotora silvestre y  mutante. También se construirá un  mutante por inserción en el primer gen del operón de un casete de Kanamicina y se realizará un análisis fenotípico en  medio mínimo con distintas  fuentes de carbono, antibióticos y metales(3).

Resultados: Los resultados muetran que CbrB activa transcripcionalmente el gen PP2810 y que la contribución de los subsitios es diferente para cada uno de ellos. En los ensayos de unión se apreció diferencias que correlacionan con los datos obtenidos mediante los ensayos de actividad β-galactosidasa.  No se han obtenido diferencias significativas  todavía del mutante de inserción en los ensayos realizados, aunque esta parte se encuentra en desarrollo.

Conclusiones: El operón PP2810-13 parece está regulado por CbrB, pero hay que seguir trabajando en la búsqueda de un fenotipo asociado a este operón.